Hasta casi la finalización de las obras no se tenía decidido cual sería la Orden religiosa que se haría cargo del mantenimiento del culto en la Basílica.

El 23 de Agosto de 1957, es decir a tan sólo 20 meses de la inauguración del monumento se publica en el Boletín Oficial del Estado el Decreto Ley por el que se instituye la Fundación de la Santa Cruz del Valle de los Caídos.

Entre los objetivos de esta fundación ni se menciona ya el Cuartel de Juventudes al que se hace referencia en el Decreto Fundacional de 01 de Abril de 1940, en cambio si se hace referencia por primera vez a la creación de un Centro de Estudios Sociales.

BOE del fecha 5 de Septiembre de 1957 por el que se instituye la Fundación de la Santa Cruz del Valle de los Caídos [click en las imagenes para AMPLIARLAs]

Se eligió para el mantenimiento del culto y los Sufragios de la Basílica a los seguidores de San Benito de Nursia, la elección una vez mas partió del Jefe del Estado General Franco.

Natural de la aldea burgalesa de Pedrosa del Río Urbel, nació el 08 de Agosto de 1895 Procedia de una familia campesina pero acomodada. Por línea materna eran varias las generaciones dedicadas al cultivo de las tierras. Su padre, sin embargo, procedia del Valle del Pas, en las montañas santanderinas dedicado con éxito a la practica del pequeño comercio. Siendo aún un niño, sus padres le pusieron bajo la tutela de D. Victoriano, un sacerdote amigo de la familia que le introdujo en los rudimentos del latín. También fue este sacerdote quien sin duda supo despertar en el joven su vocación
monastica y sacerdotal para posteriormente cultivarla convenientemente A los doce años, convencido de su incipiente vocación, ingresa en la escuela monástica del Monasterio de Santo Domingo de Silos. Recibió el hábito de San Benito de manos de DOM Ildefonso Guepin quien levanto el monasterio de Silos de las ruinas en la que se lo encontró 30 años antes y por quien Fray Justo guardaba una admiración y afecto sin límites. Recibió el hábito, como decimos, con 15 años de edad. Siempre tuvo una capacidad ilimitada para el estudio con un tesón a prueba de todo tipo de adversidades. Gustaba de leer sobretodo libros de historia y llegó a  dominar con soltura lenguas como el latín, griego, árabe y las principales lenguas modernas. Una vez finalizó sus estudios eclesiásticos fue ordenado Sacerdote en la Iglesia de la Merced de Burgos el 24 de Agosto de 1918. Ofició de ordenante el Obispo misionero P. Vergés. Cuatro días más tarde celebraba Misa por primera vez. Desde esta fecha hasta el estallido de la guerra civil, continúa incansable sus estudios especializados en hagiografía, historia, liturgia y arte medieval. Es requerido por los párrocos vecinos para predicar en las fiestas patronales, debido a la oratoria  fogosa y ferviente, de palabra cálida y en extremo convincente, que tan buen resultado daría años más tarde en los frentes de batalla. Entretanto y en los mínimos ratos libres de que dispone cultiva una muy relevante faceta de su personalidad; la poesía. Fray Justo realiza bellas composiciones que años mas tarde tendría oportunidad de publicar. A Fray Justo se lo “rifan” para dar conferencias: Braga, Madrid, Gibraltar, Bilbao, Santiago de Compostela, Santander..... Desde 1930 acude son asiduidad a los cursos, que organiza su buen amigo el futuro Cardenal Ángel herrera Oria en la Universidad Católica de Santander. En 1936 estalla la guerra civil y Fray Justo se prodiga por todas partes con charlas y conferencias y realiza una intensa labor religiosa en frentes y cuarteles. De entonces data la vinculación de Fray Justo con la Sección Femenina de la que sería durante años consejero espiritual. Su fama una vez finalizada la contienda traspasa fronteras y mares y es requerido para impartir sus charlas y conferencias en toda Hispanoamérica: Argentina, Chile, Perú, Bolivia, Ecuador..... En Argentina recibe en encargo de asumir le Priorato de la Iglesia de Montserrat de Madrid. Es duro trabajo pues tan solo encuentra ruinas que es necesario levantar de nuevo y reorganizar la comunidad de monjes. Construye a demás una residencia para doscientos estudiantes. Fray Justo dirige el priorato durante 10 años. Dentro de  su frenética actividad encuentra  tiempo para recorrer aldeas, pueblos, archivos, Iglesias y ermitas para poder realizar su sueño, escribe “HISTORIA DEL CONDADO DE CASTILLA”, en la que ha puesto todo su amor de castellano y su labor de investigador. Con esta obra recibe en 1944 el premio “Francisco Franco”. En 1948 es nombrado catedrático de Historia Medieval de España en la Universidad Central, tarea que, como siempre, acomete animosamente con el deseo de hacer participe a sus alumnos de los conocimientos que posee. Ya en 1958 es designado primer Abad del recién inaugurado Monasterio del Valle de los Caídos. Poner en marcha supone ardua tarea, pero Fray Justo tiene experiencia en ello. Atiende solicito a los monjes, cuida con esmero las nuevas vocaciones que van surgiendo y recibe hospitalariamente las visitas que a cientos surgen atraídas por la arquitectura del monumento recién inaugurado. Los Reyes de Bélgica Balduino y Fabiola con Dom Justo Pérez de Urbel (1970)   En 1967 solicita la renuncia a la Abadía, petición que le es concedida. Fray Justo sigue escribiendo incansablemente hasta el mismo momento de su muerte acaecida el 29 de Junio de 1979. Es enterrado solemnemente en el Cementerio de los PP. Benedictinos del Monasterio de la Santa Cruz del Valle de los Caídos. Entre su obra de erudición destacamos:
Historia del Condado de Castilla (1944) Las grandes abadías (1928-1949) Historia de la Orden Benedictina (1941) Origen de los himnos mozárabes (1926) El Condado de Castilla (1970)   (Ampliación de su obra de 1944)

Cuando se inauguró el Castillo de las Navas del Marqués en 1950 (Fray Justo era el Capellán de la Sección Femenina de la Falange), y antes en la inauguración del castillo de la Mota, el propio Franco comentó con Fray Justo que tenían que hablar aunque en ningún momento le adelantó el motivo de esa entrevista. Años después fue el propio Diego Méndez el encargado de visitar a Fray Justo para hablarle del Valle e invitarle a visitarlo.

Fueron a Cuelgamuros y el arquitecto le enseñó las obras, ya concluidas, del Monasterio (lo que hoy es la hospedería), edificio que no contó con el beneplácito del Benedictino. El problema, según Fray Justo, residía en la lejanía del Monasterio con la entrada posterior de la Basílica:

Franco informado de estas dificultades, decidió tomar personalmente la iniciativa y el 31 de Diciembre de 1956 llamó a Fray Justo:

“lo que tenía que decirle es que quiero que busque Ud. una comunidad para el Valle de los Caídos”

Fray Justo, siembre redundando sobre el tema de la lejanía del Monasterio realizó para Franco varios proyectos sobre lo que se podía hacer en el Valle y cuales sería las atribuciones de la futura comunidad. Esto le sirvió a Fray justo para ganarse varias e importantes enemistades dentro de su propia congregación, entre ellas las del Abad de Montserrat, Padre Escarré, que había advertido a Fray justo que en ningún momento debía aceptar el hacerse cargo de la Abadía del Valle de los Caídos.

Franco quería una Comunidad como la del monasterio de Silos, de la que era buen conocedor, ya que en el mismo Silos el había conocido a Fray Justo.
De acuerdo con el Abad de Silos, Padre Isaac Toribios, se formó a un grupo de monjes para ocupar la Abadía del Valle. En definitiva la Abadía se inauguró oficialmente el 18 de Julio de 1958, meses antes del reconocimiento oficial de la Basílica por el Vaticano.

Rara fotografía donde vemos a Fray Justo (sentado en el centro), con su Comunidad de Monjes y una de las primeras promociones de escolanes

Previamente se realizaron los estudios economicos pertinentes para cuantificar el coste de la edificación de un nuevo Monasterio adosado al monte, atendiendo así a las demandas de Fray Justo y dejando el anterior monasterio como hospedería, que es lo que es actualmente.
Realizó el arquitecto el proyecto, y éste se tasó en una cantidad cercana a los ciento sesenta millones de pesetas.
Estuvo Franco varias semanas sin dar el visto bueno a la ampliación aunque al final accedió.
Se inició entonces la edificación del nuevo monasterio y de la escolanía, mientras se formalizaba el protocolo de colaboración entre el Patrimonio y la nueva Abadía.
El acuerdo en síntesis obligaba a la Abadía a asumir las siguientes obligaciones: